Dopo la caduta di San Giovanni d'Acri nel 1291 e la perdita definitiva di ogni possedimento in Terrasanta, l'Ordine del Tempio si trovò in una condizione paradossale: era ancora, in assoluto, una delle istituzioni più ricche e meglio organizzate d'Europa — proprietaria di una rete capillare di commende, terre e attività finanziarie dalla Francia all'Inghilterra, dalla Spagna al Portogallo — ma aveva perso la ragion d'essere originaria, quella militare, per cui era stato fondato quasi due secoli prima. I tentativi di riconquista, incluso il breve e fallimentare episodio dell'isola di Ruad (1300-1302), non produssero risultati, e la domanda "a cosa serve ancora quest'Ordine?" cominciò a circolare sempre più insistentemente nelle corti europee.
A rendere l'Ordine ancora più vulnerabile erano due caratteristiche strutturali che per due secoli lo avevano protetto e reso potente, ma che ora si trasformavano in un bersaglio: la indipendenza giurisdizionale (rispondeva solo al Papa, non ai sovrani locali, il che lo rendeva difficile da controllare o tassare) e la enorme ricchezza accumulata, in gran parte derivata dal ruolo di banchieri e finanziatori delle corone europee.
Il re di Francia Filippo IV il Bello si trovava, nei primi anni del Trecento, in condizioni finanziarie disastrose, aggravate da guerre costose e da una svalutazione monetaria che aveva già provocato tensioni sociali interne. L'Ordine del Tempio, che gestiva di fatto parte del tesoro reale francese e a cui la corona doveva ingenti somme, rappresentava agli occhi del re tanto un creditore scomodo quanto una riserva di ricchezza potenzialmente sequestrabile.
Filippo aveva già dato prova, alcuni anni prima, di essere disposto a scontrarsi frontalmente con l'autorità della Chiesa: il suo durissimo conflitto con papa Bonifacio VIII (culminato nell'oltraggio di Anagni nel 1303) aveva dimostrato quanto fosse determinato a piegare il potere ecclesiastico ai propri interessi. Con l'elezione, nel 1305, del papa Clemente V — francese, e in una posizione di forte dipendenza politica dalla corona di Francia, tanto da trasferire la sede papale ad Avignone — Filippo si trovò con un interlocutore molto più malleabile del suo predecessore.
Il 14 settembre 1307, Filippo inviò ordini segreti a tutti i balivi e siniscalchi del regno, con istruzioni dettagliate per l'arresto simultaneo di tutti i membri dell'Ordine presenti in Francia, da eseguirsi un mese dopo. All'alba di venerdì 13 ottobre 1307, l'operazione — pianificata nei minimi dettagli e mantenuta segreta fino all'ultimo — scattò contemporaneamente in tutto il regno: migliaia di Templari, incluso il Gran Maestro Jacques de Molay, furono arrestati nello stesso giorno, colti completamente di sorpresa.
(È a questo episodio, secondo una tradizione diffusa ma di origine relativamente moderna, che si farebbe risalire la fama del venerdì 17 — o, secondo alcune versioni popolari novecentesche, proprio del venerdì 13 — come giorno infausto.)
Le accuse messe insieme dai consiglieri del re, Guillaume de Nogaret ed Enguerrand de Marigny, erano gravissime sul piano religioso: eresia, idolatria (l'adorazione di un misterioso idolo chiamato "Baphomet"), rinnegamento di Cristo, sputo sulla croce durante i riti di ammissione, pratiche omosessuali obbligatorie tra i membri, e corruzione finanziaria. Gran parte di queste accuse derivava dalla testimonianza interessata di alcuni ex-membri espulsi dall'Ordine per cattiva condotta.
I prigionieri furono affidati agli inquisitori reali e sottoposti a interrogatori con un uso sistematico della tortura. In queste condizioni, un numero rilevante di Templari — compreso lo stesso Jacques de Molay, il 24 ottobre 1307 — confessò almeno alcune delle accuse, pur negando quasi sempre le imputazioni più infamanti come la sodomia. Molti di questi Templari, non appena sottratti alla tortura diretta o messi di fronte a commissari papali anziché reali, ritrattarono le proprie confessioni, dichiarando di averle rese solo per sfuggire al supplizio. Alcuni ex-frati, tuttavia, pagarono con la vita proprio la ritrattazione: nel maggio 1310, 54 Templari furono bruciati sul rogo come "relapsi" (eretici recidivi) in un campo alle porte di Parigi, per il solo fatto di essere tornati sulle proprie ammissioni iniziali.
Il Papa, formalmente unico giudice legittimo su un Ordine religioso di respiro internazionale, reagì all'inizio con irritazione per l'iniziativa unilaterale del re francese, che aveva agito senza alcuna autorizzazione pontificia. Ma la pressione politica di Filippo — che minacciò più volte un'azione ancora più diretta contro la Chiesa — spinse Clemente V a un atteggiamento oscillante: da un lato, il 22 novembre 1307 emise una bolla che ordinava a tutti i sovrani cristiani d'Europa di arrestare a loro volta i Templari nei rispettivi territori; dall'altro, non abbandonò mai del tutto l'idea di un giudizio autonomo e più equo.
Un documento riscoperto solo nel 2001 negli archivi vaticani, noto oggi come Pergamena di Chinon, ha rivelato che nell'agosto 1308 il Papa inviò segretamente tre cardinali a interrogare personalmente Jacques de Molay e altri alti dignitari, detenuti nel castello di Chinon perché troppo debilitati per essere trasferiti. Al termine di quell'indagine, Clemente V concesse loro l'assoluzione segreta dalle accuse di eresia e il reintegro nei sacramenti — una prova, emersa solo sette secoli dopo, che il Papa stesso nutrisse seri dubbi sulla fondatezza religiosa delle accuse, pur non avendo la forza politica per opporsi apertamente a Filippo.
Il processo si trascinò per anni tra commissioni papali e commissioni reali, senza che l'Ordine riuscisse mai a organizzare una vera difesa collettiva. Il verdetto finale arrivò al Concilio di Vienne, convocato da Clemente V proprio per affrontare la questione: quando il 20 marzo 1312 Filippo si presentò di persona a Vienne, accompagnato da un contingente armato, il Papa — dopo trattative riservate con gli inviati del re — convocò una ristretta commissione di cardinali che, con una maggioranza dei quattro quinti, votò per la soppressione dell'Ordine.
Il 22 marzo 1312 Clemente V firmò la bolla Vox in excelso, resa pubblica il 3 aprile, che sopprimeva l'Ordine del Tempio non con una sentenza di condanna formale per eresia (la colpevolezza, va notato, non fu mai dichiarata provata in modo definitivo), ma per via amministrativa, "non senza amarezza e tristezza di cuore", a causa dello scandalo e del sospetto ormai troppo diffusi per permettere all'Ordine di continuare a esistere. Poche settimane dopo, con le bolle Ad providam (2 maggio) e Nuper in concilio (16 maggio), i beni templari furono trasferiti quasi interamente all'Ordine rivale degli Ospitalieri — con la significativa eccezione dei possedimenti nella penisola iberica, dove nacquero invece nuovi ordini locali (come l'Ordine di Cristo in Portogallo) proprio ereditando patrimonio e in parte membri dell'Ordine soppresso.
Restava da decidere la sorte personale dei massimi dignitari dell'Ordine, tra cui lo stesso Jacques de Molay e il precettore di Normandia Geoffroi de Charney, detenuti da anni. Il 18 (o 19, secondo le fonti) marzo 1314, una commissione di tre cardinali li condannò alla prigione perpetua, sulla base delle confessioni rese anni prima. Ma proprio nel momento della sentenza pubblica, secondo il racconto dei cronisti dell'epoca, Jacques de Molay ritrattò clamorosamente ogni confessione, proclamando l'innocenza propria e dell'intero Ordine.
Filippo IV, informato della ritrattazione, non attese ulteriori procedimenti ecclesiastici: quello stesso pomeriggio fece bruciare Molay e de Charney sul rogo come eretici recidivi, su un'isoletta della Senna a Parigi. Una tradizione leggendaria, priva di fondamento in fonti coeve ma diffusasi già nei decenni successivi, vuole che Molay, dalle fiamme, abbia lanciato una maledizione contro il re e il Papa, convocandoli entrambi al giudizio di Dio entro l'anno — Clemente V morì infatti pochi mesi dopo, nell'aprile 1314, e lo stesso Filippo IV pochi mesi più tardi, nel novembre dello stesso anno, in circostanze che alimentarono per secoli la leggenda della "maledizione dei Templari".
Il tramonto dell'Ordine non fu il risultato di un singolo evento, ma di una convergenza di fattori:
Meno di sette anni separano l'arresto del 13 ottobre 1307 dal rogo di Jacques de Molay nel marzo 1314: un tempo brevissimo per la fine di un'istituzione che aveva attraversato quasi due secoli di storia europea e mediorientale.